Las Capillas
Laterales
Cuenta la Iglesia con nueve, cinco a la derecha y cuatro a la izquierda, ofreciendo al culto una interesante serie de esculturas y pinturas barrocas.
Antigua Capilla Bautismal
Empezando por el lateral derecho desde el fondo de la nave, se encuentra esta primera Capilla en la que se encontraba la pila bautismal -actualmente en el presbiterio-, donde fue bautizado Alonso Cano en 1601. En ella existió una Inmaculada de Alonso de Mena, que con posterioridad pasaría a la ermita de San Isidro. Aquí se encuentran diversas imágenes de la Virgen y el Niño y la Virgen de la Soledad del siglo XVIII, que recuerda la traza de José de Mora.
Capilla
de san Ildefonso
Aquí se encuentra el retablo titular de la capilla mayor hasta el siglo XVIII, cuya traza realizó Ambrosio de Vico y ejecutó Miguel Cano, padre de Alonso Cano, entre los años 1603-05. Está compuesto por dos cuerpos de estilos jónico y corintio, cuyas tablas fueron pintadas por Juan García Corrales, alusivas al tema de la Crucifixión y la vida de San Ildefonso (La aparición de la Virgen a San Ildefonso, San Ildefonso entre sabios y teólogos, El levantamiento de Santa Leocadia y la gratitud de Santa Leocadia a San Ildefonso). La secuencia iconográfica del conjunto la completó el escultor con las imágenes de San Pedro, San Pablo, Dios Padre y una deesis.
Falta la tabla central. En su lugar se ha ubicado recientemente una imagen de San Ildefonso, talla de fines del XVI o principios del XVII, cercana al taller de Pablo de Rojas y de Bernabé de Gaviria, con policromía en el estilo de Pedro de Raxis. Junto al sagrario están los cuatro evangelistas. También figuran los escudos del Arzobispo Guerrero y, en el frontal de la mesa del altar, el corazón con las siete espadas, referidas a la iconografía de la Virgen Dolorosa.
Capilla del Cristo de Burlas
Esta capilla está bajo la advocación del Cristo de la Pasión. La escultura de la imagen es una talla sedente en madera del siglo XVII, vestida con el manto de Ecce Homo, atribuida a Pablo de Rojas o a Bernabé de Gaviria. El retablo es de finales del s. XVI.
Aquí se encuentra también una talla de la Virgen del Rosario, obra de José de Risueño. En sus muros laterales, pinturas en lienzo que representan a Cristo atado a una columna (s. XVIII) y a San Juan Evangelista escribiendo el Apocalipsis y en la Visión de María como nueva Eva, que parece pertenecer a la escuela de Alonso Cano, de finales del s. XVII. El frontal del retablo es a base de incrustaciones en mármol.
Capilla del Cristo de Ánimas
Esta capilla está bajo la advocación de las Ánimas del Purgatorio. Contiene un retablo barroco del siglo XVII dividido por cuatro columnas salomónicas y sendas estípites en el segundo y último cuerpo. La figura principal es un Crucificado del XVII, próximo a la Escuela de Pablo de Rojas. Bajo los brazos del Crucificado se encuentran dos tablas pintadas con la Virgen Dolorosa y San Juan, con influencias de Risueño.
Capilla de la Inmaculada
Posee un retablo perteneciente al siglo XVIII, decorado con estípites y repisas con doseletes. En su centro, un arco de medio punto da paso al camarín.
Está presidido por una Inmaculada atribuida a la escuela de Juan Bautista Vázquez el Joven. Presenta también un grupo de obras conformado por Santa Ana, la Virgen y el Niño, correspondientes a las postrimerías del XVI. En el frontal de la mesa de altar, el anagrama del Ave María.
En los laterales de la capilla se encuentran sendas esculturas de San Joaquín y Santa Ana. La primera, atribuida al taller de los hermanos Moras, y la segunda, de San Roque, pertenece a Pablo de Rojas. Igualmente, encontramos la escultura, atribuida a Risueño de San Antón, otra escultura de San Bartolomé, presumiblemente de Pablo de Rojas.
Capilla de
San Josemaría
Con motivo del Centenario de San Josemaría Escrivá, el 9 de enero del año 2002, y de su posterior canonización por el Papa Juan Pablo II, el 6 de octubre de ese mismo año, se le dedicó esta capilla.
Presenta al Fundador del Opus Dei en actitud de orar de rodillas ante la Patrona de Granada. El lienzo es obra del pintor Armando Pareja.
Capilla del Cristo atado a la Columna
Posee un retablo perteneciente al siglo XVIII sobre un altar de mármol con los símbolos de la Pasión. En su centro, una imagen de Cristo atado a una columna, del estilo de Pablo de Rojas, del siglo XVII. Lo anterior, flanqueado por dos esculturas de San Pedro y San Pablo del siglo XVIII.
Coronando el retablo, un lienzo del XVIII del Padre Eterno. En los muros laterales, un lienzo de San Fernando, del XIX, y el Buen Pastor, del XVII.
Capilla de Santa Teresa
Posee un retablo sencillo de finales del XVIII; una imagen de Santa Teresa originaria del convento de los Mercedarios, correspondiente al XVII.
En los laterales los apóstoles San Pedro y San Mateo y en el testero superior un cuadro que representa a Cristo Varón de dolores; la Adoración de los Pastores y San Juan Bautista.
Coro y Órgano
El órgano fue construido por Pedro Ghys Gullemín en el primer cuarto del siglo XX.
Junto al órgano, se encuentran dos lienzos de la Inmaculada y el Nacimiento de Jesús, originarios de la sede catedralicia y donados por Alonso Cano a la parroquia al realizar los de la Capilla Mayor de la Catedral.